Cuando el escritor Joseph Conrad escribió "El corazón de las tinieblas" en 1899, no podía sospechar la capacidad destructiva que, pocas décadas después, el ser humano sería capaz de alcanzar y con ella, el nivel de horror infligido a la humanidad. Este horror, que describe el personaje del Coronel Kurt (Marlon Brando) en un intenso monólogo frente al Capitán Benjamin Willard poco antes de su muerte-ejecución, es el hilo conductor de la película.

La novela de Joseph Conrad transcurre en el África de los imperios coloniales de finales del siglo XIX y construye la estructura que el director Francis Ford Coppola utiliza para su proyecto cinematográfico. En la novela, Charlie Marlow un capitán de barco apasionado por los viajes y la aventura, se embarca en un vapor por encargo de una compañía belga que pretende ir a la busca de un tal Kurt, todo un personaje que dirige la explotación de marfil en el Congo más profundo, con tanto éxito que se ha convertido en una especie de lider espiritual para las gentes que le rodean. Las peripecias del viaje en barco, remotando el río, con todo tipo de problemas, averías, ataques, enfermedades, van preparando a Marlow para enfrentarse a Kurt, cuya imagen se va haciendo más intensa a medida que se acerca a su destino. Cuando finalmente se encuentran, Kurt está gravemente enfermo y muere en el barco que lo lleva de regreso pronunciando las míticas y enigmáticas palabras:"el horror, el horror".

En la película de 1979, el personaje de Marlow, marinero y explorador, se converte en el capitan Benjamin Willard de las fuerzas armadas estadounidenses en pleno conflicto de Vietnam. También debe ir en busca de un tal Kurt, Coronel laureado de las fuerzas especiales del ejército norteamericano y que según informes de inteligencia militar, ha perdido la cabeza. La misión: localización y eliminación.

El Capitán se embarca en una lancha con un puñado de soldados con la que remontan un río rodeado de jungla espesa y acechante. A lo largo de su viaje encontrará un sinfin de dificultades de todo tipo. Sufrirán ataques, acudirán a un show de Playboy, masacrarán a los pasajeron de una pequeña embarcación e irán cayendo como piezas de ajedrez en una partida cuyo desenlace es la derrota. Llegado el punto donde se encuentra el Coronel Kurt, la situación para el Capitan Benjamin Willard ha cambiado. Ha sufrido un profunda transformación por el entorno violento y sin sentido que le rodea. El punto culminante de la película llega en el monólogo de Kurt frente a su verdugo en el que habla del horror, de la violencia, de la locura, antes de ser cruelmente ejecutado en cumplimiento de unas órdenes de sus superiores.

Muchas veces se ha discutido sobre lo poco apropiado que es calificar a Apocalipse Now como una película bélica. Ciertamente, la novela en la que se basa no es una novela que trate de la guerra. Sin embargo, Francis Ford Coppola utiliza una guerra, una que tenía muy a mano en el momento de su rodaje, la de Vietnam, para utilizarla como fondo de una historia de una dureza extrema, de una descripción del horror en su significado más inhumano. Y qué puede representar con mejor acierto el horror que una guerra sin sentido. El descenso a los infiernos de los dos protagonistas es paralelo, uno, Kurt se ha ido dejando llevar por las cicunstancias, por su propia carrera militar, el capitán Willard, cumple órdenes, pero se ve arrastrado por los mismos condicionantes que antes trastornaron al coronel y llegados al mismo punto, frente a frente se dirime una batalla psicológica cuyo vencedor no tiene clara definición, por más que Kurt muera y Willard sobreviva, pero en pleno corazón de las tinieblas.